Hoewel Super Mario Maker al een erg geslaagde titel is waren er nog enkele verbeterpuntjes. Nintendo luisterde naar de kritiek en zal op 5 november met een update komen.

Door deze update krijgen we onder andere de mogelijkheid om checkpoints in levels te plaatsen, en zijn er extra levelwereldcategorieën met nieuwe levels van Nintendo en andere officiële makers.

De toevoeging van checkpoints houdt in dat spelers nu één of twee checkpointvlaggen in hun levels kunnen plaatsen die de punten markeren waar spelers weer mogen beginnen als ze een leven hebben verloren, in plaats van dat ze het level weer opnieuw moeten beginnen. Spelers kunnen deze checkpoints toevoegen aan eerder gemaakte levels en deze opnieuw uploaden, of deze functie in geheel nieuwe levels gebruiken.

Na de update kunnen spelers ook power-ups toevoegen die afhankelijk zijn van Mario's status. Als een officiële maker bijvoorbeeld een superpaddenstoel bevestigt aan een vuurbloem en in een blok plaatst, dan zal kleine Mario een superpaddenstoel ontvangen en een vuurbloem als hij groot is.

De software-update voegt aan de online Levelwereld ook speciale levels toe die zijn gemaakt door partners van buiten Nintendo. Eén van de eerste speciale levels is "Ship Love", het winnende level van het "hackathon"-evenement dat eerder dit jaar werd gehouden op het Facebook-hoofdkantoor in Menlo Park, in samenwerking met Nintendo of America.

Er worden wereldwijd telkens weer nieuwe levels aan de lijst toegevoegd, en in sommige ervan zou een ?-paddenstoel weleens een nieuw personage kunnen opleveren. Daarnaast wordt aan levelwereld een nieuwe categorie toegevoegd met levels van officiële makers, waaronder levels van Nintendo.

Tenslotte kunnen bezitters van een New Nintendo 3DS-systeem hun liefde voor SUper Mario Maker tonen met de gloednieuwe set covers voor hun handheldsysteem die vanaf 27 november in de winkels ligt.